Obito cresceu sem saber quem eram seus pais, tendo uma infância triste que o levou a sonhar em um dia se tornar Hokage para que as pessoas da aldeia pudessem reconhecer sua existência. Obito chegou tarde para a sua matrícula na Academia, mas ficou aliviado quando Rin Nohara lhe entregou os documentos de inscrição. Ele finalmente se formou com a idade de 9 anos e foi colocado no Time Minato com Rin e Kakashi Hatake sob a liderança de Minato Namikaze. Para seu teste final para se tornarem genin, Minato encarregou seus potenciais alunos a tomarem um dos dois sinos dele em combate. Depois de não conseguir pegar nenhum sino sozinho e vendo que a habilidade de Minato estava bem acima de sua própria, Obito concordou em trabalhar com sua equipe para conseguirem os sinos. Em última análise, Minato aprovou os três, como eles conseguiram realizar o teste real: mostrar o trabalho em equipe.A equipe mais tarde participou do Exame Chūnin, durante o qual Obito chegou tarde para o segundo teste na Floresta da Morte, depois de ter parado para ajudar uma mulher idosa. Quando o Time Minato se deparou com um time adversário, Obito tentou impressionar Rin com a técnica de fogo do clã Uchiha, mas acabou se engasgando com o doce que a senhora idosa lhe tinha dado e logo foi derrotado por Might Guy. Ele treinou extensivamente entre o segundo e terceiro exame e contou para Rin sobre seu sonho de se tornar Hokage; No entanto, ele foi eliminado em um outro combate contra Guy, que foi então derrotado por Kakashi, permitindo-lhe subir para o posto de chūnin. Obito conseguiu atingir o posto alguns anos mais tarde na idade de 11 anos.http://vignette1.wikia.nocookie.net/naruto/images/b/b4/O_Time_Minato.png/revision/latest/scale-to-width-down/180?cb=20140117215356&path-prefix=pt-br&format=webpObito com o Time Minato.Durante a Terceira Guerra Mundial Shinobi, Kakashi foi colocado no comando da equipe durante uma missão para destruir a Ponte Kannabi, o que impediria Iwagakure de usar Kusagakure como um ponto de refúgio. Antes de iniciar a missão, Minato e Rin deram presentes a Kakashi para comemorar sua promoção a jōnin, embora Obito tenha esquecido, piorando, assim, sua relação já problemática. Minato foi chamado para a linha de frente, deixando a equipe para realizar a missão sozinha. Os três foram então descoberto por shinobi de Iwa e Rin foi capturada. Kakashi diz para eles abandonarem Rin, acreditando que era mais importante terminar a missão antes de se preocupar com sua segurança. Obito ficou furioso com a ideia e insistiu que eles deveriam se concentrar em seu socorro. Quando Kakashi recusou, Obito o deixou sozinho, observando que Kakashi era pior do que o lixo por abandonar seus amigos.Obito localiza a caverna que os shinobi de Iwa usavam como esconderijo, mas antes que pudesse fazer muito progresso, ele foi encontrado e atacado por um Taiseki camuflado. Tendo uma mudança em seu coração por causa das palavras de despedida de Obito, Kakashi chegou e salvou Obito, protegendo-o do ataque de Taiseki e perdendo seu olho esquerdo no processo. Para salvar seu companheiro de equipe, Obito despertou seu Sharingan pela primeira vez, o que lhe permitiu ver através da camuflagem de Taiseki e matá-lo. Os dois encontraram e libertam Rin de suas restrições, o que forçou Kakkō a fazer a caverna desabar sobre eles. Enquanto eles tentavam fugir, a visão limitada de Kakashi começou a atrapalhá-lo muito, e quando Obito percebeu que ele estava prestes a ser esmagado por uma pedra que caia em seu ponto cego, ele o empurrou para fora do caminho e ficou preso sob os escombros em seu lugar, esmagando a metade direita de seu corpo.