elas são usadas na reforja, q é uma opção do ferramentas. Basicamente você olha aquele atributo q está fraco nas suas ferramentas como exemplo "Defesa+14" ou "Penetração Ninjutsu+43", e alguma pedra daquelas vai ter um atributo mais forte como "Defesa+45" ou "Penetração Ninjutsu +56".

Aí vc vai até a opção, utiliza 6 equipamentos inuteis, aqueles fraquinhos q vc não usa e coloca eles pra sacrificar e substituir os atributos mais fracos pelos mais fortes q vc conseguiu e assim conseguir mais força.
Espero ter ajudado.