Os dois são muito bons mas o Minato Hokage é incrívelmente superior, sem dúvidas é um dos melhores ninjas de todo o jogo e o melhor suporte pra dano. Nas Tier Lists do servidor NA o Minato Hokage sempre se encontra no Ranking mais alto da lista, ao lado de ninjas como Naruto Kurama, Itachi Sussano ou Tsunade Hokage, enquanto Minato Jounin se encontra ao lado de ninjas como Sasuke Sussano e Obito Mascarado.

Vou expor alguns pontos dos dois:

Minato Hokage interrompe toda a equipe inimiga - Minato Jounin interrompe até dois inimigos

Minato Hokage marca no mínimo dois inimigos por turno, podendo marcar toda a equipe inimiga ao usar a esotérica - Minato Jounin eu não lembro se ele marca no ataque básico (acho que não), mas se marcar é apenas um e na sua esotérica marca apenas dois

Minato Hokage buffa a equipe inteira - Minato Jounin lança um pequeno buff em si mesmo

Minato Hokage não possui perseguição - Minato Jounin persegue duas vezes por rodada

Minato Hokage esquiva uma vez por rodada - Minato Jounin esquiva uma vez por rodada