Não existe melhor ninja, mas se dividirmos em categorias, o meu ficaria assim:

Dano individual: Lee (menção para Ay)

Dano em area: MInato kage (menção para Roshi)

Support cura: sakura estudante (menção para Tsunade Quinta e kurenai)

Support buff: Iruka (menção para konan e sasori edo)

Ninja plano: Sishui (Menção para gaara normal)

Ninja Controle: Kisame Pele (Menção para itachi Susano'o)

Obs: Um ninja pode participar de mais de um categoria.