Ambos são bons, inclusive nem sempre vai ganhar do Naruto usando o Madara ou vice-versa.

Dependendo das ocasiões eu prefiro Naruto, porque basta o inimigo ter uma Rin no campo inimigo ou aquela formação em que a posição fica com nenhum ninja do lado do outro (impedindo dano de choque) que a esotérica do Madara não se torna muito eficaz; algo que não acontece com o Naruto, que tem o foco no ataque comum, e que nenhuma formação impede seu dano de choque.

A cura do Naruto também é maior (comparando em um 1v1; no 3v3 Madara vence).

E também (na minha opinião) Naruto não exige tanto da sua conta em relação a ninjas (combina de forma fácil com muitos ninjas).

Mas Madara também tem suas vantagens, como a Toxicidade que é dano de 1999 de vida ou mais garantido por rodada. Ou entâo sua Imunidade a Combo NV2 e Supressão de Imunidade a Status na perseguição, aumento de Defesa e Resistência entre muitos outros... mas no fim de tudo eu digo que o 1° Ataque pode ser mais relevante no combate do que usar ou Naruto ou Madara.

Só que a escolha é sua, mais vale o seu gosto do que usar um ninja forte que você não gosta.